První zmínky o kostele v obci pocházejí z roku 1390, kdy vikář ostřihomského arcibiskupa Leonarda de Pensauro vzpomíná farnost Šenkvice - SANKAWYCH. Jeho vznik se předpokládá kolem roku 1350. Absence zpráv o obci mezi lety 1462 až 1557 potvrzuje domněnky o opuštění území. Noví osadníci z okolí chorvatské Kostajnice, vyhnáni nájezdy Turků, začali stavět na ruinách starého nový, větší kostel. Následně se Šenkvice staly v roce 1584 farnosťou.Prvým knězem nové farnosti byl pravděpodobně Matej Sosic.
První zmínky o kostele v obci pocházejí z roku 1390, kdy vikář ostřihomského arcibiskupa Leonarda de Pensauro vzpomíná farnost Šenkvice - SANKAWYCH. Jeho vznik se předpokládá kolem roku 1350. Absence zpráv o obci mezi lety 1462 až 1557 potvrzuje domněnky o opuštění území. Noví osadníci z okolí chorvatské Kostajnice, vyhnáni nájezdy Turků, začali stavět na ruinách starého nový, větší kostel. Následně se Šenkvice staly v roce 1584 farnosťou.Prvým knězem nové farnosti byl pravděpodobně Matej Sosic.
Kolem roku 1618 začal Jan Janice s rozšiřováním a renesanční přestavbou kostela, kterému přibyla věž i 4 metry vysoké hradby na ochranu před loupeživými nájezdy tureckých vojenských oddílů. Ty plenili vesnice jihozápadního Slovenska.
Kostel byl vysvěcen čanádským biskupem a zasvěcený Svaté Anne až 3. dubna 1672. Během následujících let se na jeho vzhledu změnilo jen vybavení kostela, když přibyl varhany a byly vyrobeny nové mešní pomůcky a roucha. V roce 1766 kostel vyhořel av roce 1783 byl obnoven do dnešní podoby.