Po pádu Velké Moravy počátkem 10. století byl hrad dočasně znefunkčnění. Knížecí rod Arpádovců ho začlenil do územního samosprávného organizace rodícího se uherského státu. Od 70. let 10. století bylo toto místo sídlem údělných vévodství. Dochází k obnovení sakrální architektury, hrad se stal také centrem královského komitátu - župy.
Počátkem 12. století se opět množí zprávy o Nitranském biskupství, které přetrvávalo na velkomoravské tradici. V té době měl hrad rozlohu téměř 8,5 ha, patřil k nejrozlehlejším v středověkém Uhersku. Toto místo nesloužilo pouze potřebám světské moci, hradní posádce, ale i Nitranské kapitule kanovníků a nitranským biskupům, kteří zároveň zastávali úřad nitranského župana. V dobách vojenského ohrožení zde nacházely útočiště i obyvatelé ze širokého okolí. Nejrozsáhlejší kamennou stavbou byla biskupská Katedrála sv. Emeráma, Andreje-Svorada a Beňadik, která se zmiňuje i v Maurovej legendě z let 1064 - 1070 jako místo, kde byly uloženy ostatky sv. Andreje-Svorada a Beňadik. Předpokládáme, že na místě nynějšího biskupského paláce vznikla již v 12. století kamenná stavba románského biskupského paláce, a přiměřenou rezidenci zde museli mít i nitranského župani. Nechyběly zde ani skladové prostory na uschovávání zásob. Už v tomto období lze uvažovat io začátcích budování vinných sklepů, ve kterých se skladovalo biskupské a Kapitolské víno dodělané v Nitře a okolí.