Na území města se nachází několik významných archeologických lokalit převážně z mladší doby bronzové (lid lužických popelnicových polí). O pobytu slovanských obyvatel jsou známé doklady z 9. století našeho letopočtu. Opevněným hradištěm byly již ve velkomoravském období Trniny.
Původ názvu Kubín odvozuje jazykovědec Rudolf Krajčovič od označení prostoru, který zahalují obláčky kouře v čase spalování kořenů a zbytečné dřeviny na klčovisku paseky; ve středověku z historického názvu Klubina vznikl název Kubín s orientačními přívlastky podle polohy Nižný a Vyšný, později Dolní a Vyšný. Reálnost výkladu potvrzuje název nedaleké obce Poruba (kácení lesa, paseky).
Kubín se poprvé vzpomíná roku 1325 v listině, kterou Turčiansky konvent potvrdil změnu majetků a získání osady Vyšný Kubín pánům z Liptovské Revúcej. Z toho vyplývá, že v tomto období musel existovat i Dolný Kubín. Přesnější zmínka o Dolním Kubíně je z roku 1381, kdy mezi Vyšnokubínske a dolnokubínskej obyvateli, patřícími k Oravskému hradu, vypukl spor o meze. V letech 1564 - 1578 měl Dolný Kubín jen 10-11 usedlostí, při zápisu domov pro královskou daň r. 1598 zde napočítali 34 domů. Obyvatelstvo bylo trvale vázáno na půdu, bez práva svobodného stahování. Obec spravoval rychtář.
Mezníkem v dějinách Dolního Kubína je rok 1632, kdy ředitel Oravského komposesorátu Gašpar Illésházy za roční poplatek 10 zlatých osvobodil jeho obyvatel od vykonávání robotních povinností a povýšil je na měšťanů. Pozdější privilegia povolovala městu pořádání jarmarků, vybírání mýtného v dolnokubínskej brodu a osvobodili obyvatel od placení mýtného na souši i na vodě.
Město se začalo výrazněji měnit po roce 1683, kdy se zde konávali stoličné generální a partikulární kongregace a když se definitivně rozhodlo, že bude sídlem stolice.
Po požáru r. 1834 se přikročilo k postupné přestavbě celého Dolního Kubína. Novým rozparcelováním stavebních pozemků byla umožněna výstavba domů městského typu a přímočarost náměstí. Dolný Kubín nabyl postupně městský vzhled.
V 19. století se Dolní Kubín dostával stále výrazněji do povědomí Slováků. Narodili se zde nebo působili několik osobnosti, které zasáhly do rozvoje slovenské kultury a vzdělanosti a měly významný podíl na slovenském národním hnutí (Janko Matúška, Pavol Országh Hviezdoslav, Vavrinec Čaplovič, Ladislav Nádaši Jégé, Andrej Radlinský a další). Ve městě se pořádaly ochotnické představení a účinkoval zde vek. Postavení kulturního centra Oravy si město uchovávalo i po roce 1918.