Obec se nachází téměř v geometrickém středu Záhoří. Půda v katastru je písčitá, jen při Myjavě je kvalitnější. Obec patří mezi nejstarší obce na Záhorí, které již známý římský historik PC Tacitus vzpomíná jako Sarmatia. Toto území bylo obývané slovanskými kmeny, které se zde usadily na ochranu hranic. Mezi více vynikly Šikulu, Plavci a Buri. Do 13. století nejsou známy spolehlivé informace o tomto území. První písemná zmínka o obci pochází z roku 1394, ze záznamů novozriaďovanej zemëpanské zprávy, která doplňuje již fungující církevní správu. Nejstarší název Zenthmiklos a Zenthpeter je na listině Bratislavské kapituly z 3. června 1394. Podle této listiny a dalších dokumentů patřil Borský Mikuláš jako poddanská obec hradu Okoun. Později obec patřila holíčsko panství a jeho vládnoucímu rodu Czoborovcov, kteří ji prodali Habsburkům. V 16. století se zde usadili Habáni, kteří se zabývali hrnčířstvím a výrobou nožů. Dodnes nám je připomíná část obce nazývaná Habana. Obec nebyla ušetřena ničivých tureckých nájezdů, byla několikrát vypálena a mnoho lidí odvlečeno. V 17. století začalo Stupavská panství se zalesňování Záhoří a okolí našich obcí. Pro ně byl postaven dům - dnes hostinec U Grajze, který patří k nejstarším budovám v obci. Patronem obce byl svatý Mikuláš, který se v 18. století dostal i do znaku obce. Starším symbolem obce byla běžící liška pod borovicí. Pečetidlo s tímto znakem se datuje od roku 1597 a používá se dodnes. Obyvatelé obce vedle zemědělství obchodovali s konopím po celém Uhersku a Rakousku. Věnovali se i truhlářství, tesařství, ale i zednictví, obuvnictví a jiným řemeslům. Obec je dodnes známá i pěstováním a sběrem léčivých rostlin.