Zunächst wurde 1949 der Bau eines Zoos in der Nähe von Železná studnička in Betracht gezogen. Das Fachwissen bestätigte diesen Standort jedoch als unangemessen. Eine neue Alternative wurde angenommen - der Bau eines Zoos in Mlynská dolina, ursprünglich auf einer Fläche von etwa 9 ha, mit der Aussicht, die Fläche auf 90 ha zu erweitern. Ursprünglich wurde der Bau eines Zoos in der PKO in Betracht gezogen, später wurde jedoch aufgrund der Bedeutung von Bratislava als Hauptstadt der Slowakei mit dem Bau einer unabhängigen Zucht- und Bildungseinrichtung begonnen.
Der Bau begann 1959 und die Eröffnung des ZOO fand am 9. Mai 1960 statt . Im ersten Jahrzehnt der Existenz des Bratislava ZOO wurden die ersten Zuchterfolge erzielt (Zucht von Makaken, Pavianen, Stachelschweinen, Nährstoffen, Leoparden, Puma und Dellen). Als einer der ersten Zoos in Europa haben wir junge Luchse gezüchtet. Besondere Aufmerksamkeit verdient die künstliche Zucht von Antilopen, Pavianen, Damwild und Reh. Unter den Bildungsaktivitäten war die Beratung für Kleintierzüchter und Hobbygruppen - Reiter-, Falknerei-, Zoologie-, Zucht- und Naturschutzverein - sehr erfolgreich. Später wurde die Tiersammlung durch viele seltene Tierarten ergänzt, und der Bratislavaer Zoo erzielte mit der ersten künstlichen Zucht von gefleckten Leoparden und grasenden Hyänen in der ehemaligen Tschechoslowakei den bedeutendsten Bruterfolg.