Die Geschichte reicht bis in die Zeit kurz vor 1239 zurück, als sich die Franziskaner in Trnava niederließen. Es wird angenommen, dass sich die ersten Brüder am unteren Tor (um die heutige Kirche St. Helena) niederließen, aber bald in die Kirche St. James am Westtor der Stadt zogen, wo sich zuvor eine Benediktinerabtei befand.
Die Geschichte reicht bis in die Zeit kurz vor 1239 zurück, als sich die Franziskaner in Trnava niederließen. Es wird angenommen, dass sich die ersten Brüder am unteren Tor (um die heutige Kirche St. Helena) niederließen, aber bald in die Kirche St. James am Westtor der Stadt zogen, wo sich zuvor eine Benediktinerabtei befand.
In den Jahren 1301 und 1340 fand im örtlichen Kloster das ungarische Provinzkapitel statt. In den Jahren 1308-1309 blieb der päpstliche Legat Kardinal Gentilis ofm hier und erfüllte seine politische Mission in Ungarn. 1327 war das Kloster ein Ort der Verhandlungen zwischen Charles Robert von Anjou und dem tschechischen König John von Luxemburg. König Ludwig I. der Große ließ 1363 eine neue gotische Kirche errichten und gleichzeitig wurde das Kloster vergrößert. 1590 wurde es durch ein Erdbeben schwer beschädigt. Zur Zeit des Bocskay-Aufstands waren die Kirche und das Kloster 1605-1607 in der Macht der Calvinisten. Es wurde im 17. Jahrhundert mehrmals repariert. In den Jahren 1666 und 1683 brannte es vollständig nieder. Das Feuer zerstörte das Gewölbe, den Hauptaltar und 5 weitere Seitenaltäre. Die reichhaltige Bibliothek, die Kardinal Pázmán und die Archive des Klosters mit allen Protokollen und Dokumenten gestiftet hatten, verwandelte sich in Asche. Mit Hilfe von Wohltätern wurde die Kirche erst 1712 und dann das Kloster repariert. Der Bau der neuen Kirche wurde vom Erzbischof von Esztergom, Juraj Szelepcsényi , unterstützt und 1714 geweiht. Der Besuchsbericht von 1823 besagt, dass die Kirche am 1. September 1714 geweiht wurde, geweiht von Lukáš Nataly, Bischof von Belgrad (Ehrengast bei den Franziskanern) und dies kostenlos tat. Der Turm wurde 1717 fertiggestellt. Die Kirche hat noch dieses Aussehen. Das Kloster ist mit der Kirche St. Jakobus der Ältere, Apostel (Fest des Schutzheiligen der Kirche am 25. Juli).
Das Kloster gehörte ursprünglich zur marianischen Provinz.Darin wurde eine philosophische und theologische Schule eingerichtet, an der auch Brüder teilnahmen - Studenten aus Bulgarien und Bosnien. Ab 1642 wurde es zum allgemeinen Studium befördert und war neben der Trnava-Universität, die von den Jesuiten verwaltet wurde, die zweite Universität der Stadt. Es gab eine aktive Zusammenarbeit zwischen den Schulen. Hier herrschte auch ein lebhaftes Musikleben, insbesondere seit dem 17. Jahrhundert, und hervorragende Organisten und Komponisten arbeiteten hier: P. Edmund Beňovič, Autor zweier Musiksammlungen, die zum Prototyp späterer Sammlungen wurden; Bruder Jozef Rehák, der im örtlichen Kloster zwei Musiksammlungen zusammenstellte (1798 - Requiem, 1800 - Hymnen und Litanei an die Jungfrau Maria und die Heiligen); Bruder Václav Malinský in den Jahren 1813-1838 und viele andere. Ihre Aktivitäten haben die Musikkultur in der Slowakei erheblich bereichert. Nach der Restaurierung der Provinz im Jahr 1924 wurde das Kloster zum Standort des Noviziats und ist es noch heute. Das Kloster befindet sich auf dem Gebiet der Erzdiözese Bratislava-Trnava.
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