Das Dorf ist in der Zoborská-Liste r dokumentiert. 1113 als Nek. Eine andere schriftliche Erwähnung aus dem Jahr 1165 erwähnt das Dorf in Form von Nech, Niech, Neku. Im Bereich des Dorfes befand sich einst die 1323 dokumentierte Siedlung Peteháza. Zu Beginn des 14. Jahrhunderts gehörte Čierna Voda zum Gut Matúš Čák, später war es ein Leibeigenendorf des Gutes Šintava und nach 1817 das Gut Ceklín. In der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts gab es eine umfangreiche Schafzucht.
Das Dorf ist in der Zoborská-Liste r dokumentiert. 1113 als Nek. Eine andere schriftliche Erwähnung aus dem Jahr 1165 erwähnt das Dorf in Form von Nech, Niech, Neku. Im Bereich des Dorfes befand sich einst die 1323 dokumentierte Siedlung Peteháza. Zu Beginn des 14. Jahrhunderts gehörte Čierna Voda zum Gut Matúš Čák, später war es ein Leibeigenendorf des Gutes Šintava und nach 1817 das Gut Ceklín. In der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts gab es eine umfangreiche Schafzucht.