Popudinské Močidľany wurde in gegründet 19. Mai 1957 durch Zusammenlegung der bisher unabhängigen Dörfer Popudiny und Močidľany.
Popudiny wird 1392 unter dem Namen POPUDYM erwähnt. Das Dorf war Eigentum der Burg Branč und gehörte dann zu den Gütern Šaštín und Holíč. Im 17. Jahrhundert ließen sich die Habáns hier nieder. In den Jahren 1730 bis 1773 gehörte Popudiny zu den Skalický-Jesuiten und später zum Holíč-Gut, den Habsburgern. Im 18. Jahrhundert wurde das Dorf auch SENTISTVÁN KIRÁLY FALVA genannt und zu Beginn des 1. Jahrhunderts Tschechoslowakei Štefanová. Močidľany wird 1392 unter dem Namen MOCHILAN erwähnt. Wie Popudiny gehörten sie zum Gut Holíč und in den Jahren 1730-1773 zu den Skalický-Jesuiten und dann zu den Habsburgern. Im 18. Jahrhundert wurde das Dorf CZOBORFALVA genannt.