Kezdetben 1949-ben megfontolták egy állatkert építését a Železná studnička környékén. A szakértelem azonban helytelennek igazolta ezt a helyet. Új alternatívát fogadtak el - állatkert építése Mlynská dolina-ban, eredetileg körülbelül 9 ha-os területen, kilátással a terület 90 ha-ra történő kiterjesztésére. Kezdetben egy állatkert építését fontolgatták a PKO-nál, később azonban Pozsony mint Szlovákia fővárosa jelentősége miatt megkezdődött egy önálló tenyésztési és oktatási létesítmény építése.
Az építkezés 1959-ben kezdődött, és az állatkert ünnepélyes megnyitására 1960. május 9-én került sor . A pozsonyi állatkert fennállásának első évtizedében eljöttek az első tenyésztési sikerek (makákók, páviánok, sertések, tápanyagok, leopárdok, pumák és dingok tenyésztése). Európa egyik első állatkertjeként fiatal hiúzokat neveltünk. Különös figyelmet érdemel az antilopok, páviánok, dámszarvasok és őzek mesterséges tenyésztése. Az oktatási tevékenységek közül a kisállattenyésztők és a hobbi csoportok - lovas, solymász, zoológiai, tenyésztő és természetvédelmi klub - tanácsadó szolgáltatása nagyon sikeres volt. Később az állatgyűjtést számos ritka állatfaj egészítette ki, és a pozsonyi állatkert a legjelentősebb tenyésztési sikert a foltos leopárdok és legeltető hiénák első mesterséges tenyésztésével érte el a volt Csehszlovákiában.