A 10. század eleji Nagy-Morvaország bukása után a kastély átmenetileg megszakadt. Az Arpád család fejedelmi családja beépítette a kialakuló magyar állam területi közigazgatási szervezetébe. A 10. század 70-es éveitől kezdve ez a hely volt a tartomány székhelye. A szakrális építészetet felújítják, a kastély a királyi tanács - a megye - központjává is vált.
A 12. század elején ismét megsokszorozódtak a nagy-morva hagyományban fennmaradt nyitrai egyházmegye tudósításai. Ekkor a kastély területe csaknem 8,5 hektár volt, a középkori Magyarország egyik legnagyobb volt. Ez a hely nemcsak a világi hatalom, a várőrség igényeit szolgálta, hanem a kanonokok nyitrai káptalanát és a nyitrai püspököket is, akik Nyitra polgármesteri tisztségét is betöltötték. Katonai fenyegetés idején a széles területről érkező lakosok is itt találtak menedéket. A legnagyobb kőépület a Szent püspöki székesegyház volt. Emerám, Andrej-Svorad és Beňadik, amelyet Mauro 1064–1070-es legendája is megemlít, mint azt a helyet, ahol St. Andreja-Svorad és Beňadik. Feltételezzük, hogy a jelenlegi püspöki palota helyén a 12. században a román stílusú püspöki palota kőépülete épült, és a nyitrai fürdőköpenyeknek biztosan itt volt megfelelő lakóhelyük. Készletek tárolására raktárak is voltak. Már ebben az időszakban figyelembe lehet venni a borospincék építésének kezdeteit is, amelyekben Nyitrában és környékén készült püspöki és káptalan bort tároltak.