A városban számos fontos régészeti lelőhely található, főként a késő bronzkorból (a luziai szeméttelepek lakói). A szláv lakosok tartózkodásáról ismertek a Kr. U. 9. századból származó dokumentumok. A Nagy-Morva-korszakban Trniny már megerősített erőd volt.
A Kubín név eredetét Rudolf Krajčovič nyelvész a faházak kulcsházánál a gyökerek és a felesleges fa elégetésekor füstkócokkal borított terület kijelöléséből ered; a középkorban a Klubín történelmi név a Kubín történelmi névből származott, orientációs tulajdonságokkal Nižný és Vyšný, később Dolný és Vyšný elhelyezkedése szerint. Az értelmezés valóságát megerősíti a közeli Poruba falu neve (erdei kivágás, vágási hely).
Kubínt először 1325-ben említik egy dokumentumban, amellyel a turčianskei kolostor megerősítette a tulajdonváltást és Vyšný Kubín település megszerzését Liptovská Revúca földbirtokosai részéről. Ebből következik, hogy Dolný Kubínnak ebben az időszakban léteznie kellett. Dolný Kubín pontosabb említése 1381-re nyúlik vissza, amikor a határon belül vita alakult ki az árvai várhoz tartozó Vyšší Kubín és Dolnokubín lakói között. 1564 és 1578 között Dolný Kubínnak csak 10–11 települése volt, amikor a házakat a 1598-ban itt 34 házat számoltak meg. A lakosság tartósan földhöz volt kötve, a szabad mozgás joga nélkül. A falut a polgármester igazgatta.
A Dolný Kubín történelmének mérföldköve az 1632-es év, amikor az Árva zeneszerző igazgatója, Gašpar Illešházy 10 aranyérme éves díj ellenében felszabadította lakóit a munkaköri feladatok ellátásától és polgárokká léptette elő őket. Későbbi kiváltságok lehetővé tették a város számára, hogy vásárokat szervezzen, autópályadíjakat gyűjtsön a Dolnokubín gázlóban, és felszabadítsa a lakosokat a föld és a víz útdíjának fizetésétől.
A város 1683 után kezdett jelentősen megváltozni, amikor itt fővárosi és különös gyülekezeteket tartottak, és amikor végül eldöntötték, hogy ez lesz a főváros székhelye.
A tűz után r. 1834-ben egész Dolný Kubín fokozatosan újjáépült. Az építési telkek új felosztása lehetővé tette a városi típusú házak építését és a tér egyenes voltát. Dolný Kubín fokozatosan urbánus megjelenést nyert.
A 19. században Dolný Kubín egyre ismertebbé vált a szlovákok számára. Számos olyan személyiség született itt vagy dolgozott, akik beleavatkoztak a szlovák kultúra és oktatás fejlődésébe, és jelentős szerepet játszottak a szlovák nemzeti mozgalomban (Janko Matúška, Pavol Országh Hviezdoslav, Vavrinec Čaplovič, Ladislav Nádaši Jégé, Andrej Radlinský és mások). Amatőr előadásokra került sor a városban, és ott énekes lépett fel. A város 1918 után is megőrizte Árva kulturális központjának pozícióját.