Vznik tejto organizácie sa datuje od roku 1957, kedy bola odčlenená prvá knižnica Vinohrady. Následne začali vznikať ďalšie pobočky lokalizované vo vtedajšom mestskom obvode Bratislava III. Od roku 1961 sa centrálou vtedajšej Obvodnej ľudovej knižnice Bratislava III stáva jedna z jej pôvodných pobočiek – Stromová 18.
V roku 1979 bola skolaudovaná nová budova na Pionierskej 12, kam sa následne sťahuje centrála Knižnice Bratislava – Nové Mesto.
Od roku 1979 tu sídli riaditeľstvo, útvary centrálneho nákupu a spracovania literatúry, knižnično – informačných služieb, ekonomicko – technickej činnosti a šesť pracovísk knižničnej prevádzky.
Štyri pobočky Knižnice Bratislava – Nové Mesto sú rozmiestnené po celej lokalite mestskej časti Bratislava – Nové Mesto.