Prvé zmienky o kostole v obci pochádzajú z roku 1390, kedy vikár ostrihomského arcibiskupa Leonarda de Pensauro spomína farnosť Šenkvice – SANKAWYCH. Jeho vznik sa predpokladá okolo roku 1350. Absencia správ o obci medzi rokmi 1462 až 1557 potvrdzuje domnienky o opustení územia. Noví osadníci z okolia chorvátskej Kostajnice, vyhnaní nájazdmi Turkov, začali stavať na ruinách starého nový, väčší kostol. Následne sa Šenkvice stali v roku 1584 farnosťou.Prvým kňazom novej farnosti bol pravdepodobne Matej Sosič.
Prvé zmienky o kostole v obci pochádzajú z roku 1390, kedy vikár ostrihomského arcibiskupa Leonarda de Pensauro spomína farnosť Šenkvice – SANKAWYCH. Jeho vznik sa predpokladá okolo roku 1350. Absencia správ o obci medzi rokmi 1462 až 1557 potvrdzuje domnienky o opustení územia. Noví osadníci z okolia chorvátskej Kostajnice, vyhnaní nájazdmi Turkov, začali stavať na ruinách starého nový, väčší kostol. Následne sa Šenkvice stali v roku 1584 farnosťou.Prvým kňazom novej farnosti bol pravdepodobne Matej Sosič.
Okolo roku 1618 začal Ján Janič s rozširovaním a renesančnou prestavbou kostola, ktorému pribudla veža i 4 metre vysoké hradby na ochranu pred lúpežnými nájazdmi tureckých vojenských oddielov. Tie plienili dediny juhozápadného Slovenska.
Kostol bol vysvätený čanádským biskupom a zasvätený Svätej Anne až 3. apríla 1672. Počas nasledujúcich rokov sa na jeho vzhľade zmenilo len vybavenie kostola, keď pribudol organ a boli vyrobené nové omšové pomôcky a rúcha. V roku 1766 kostol vyhorel a v roku 1783 bol obnovený do dnešnej podoby.