Nachádza sa tu hlavná expozícia Ľudovít Štúr - od štúdia k činom, ktorá prezentuje prierez životom a dielom Ľ. Štúra zasadený do konkrétnych historických súvislostí. Predstavuje Ľ. Štúra aj z jeho osobnej a ľudskej stránky prostredníctvom svedectiev jeho súčasníkov, i súčasný pohľad vedeckej a odbornej verejnosti. Expozícia obsahuje unikátne osobné predmety nielen Ľ. Štúra, ale aj Jozefa Miloslava Hurbana a Jána Kalinčiaka, spolu s dielami slovenských výtvarných umelcov a písomným dokumentárnym materiálom.
Pamätná izba Ľ. Štúra pripomína posledné roky jeho života v Modre a okolnosti jeho tragickej smrti.
Vo výstavných priestoroch na prízemí sú sprístupňované dočasné výstavy, či už vlastné, alebo putovné, ktoré zo svojich zbierkových fondov pripravujú jednotlivé organizačné zložky SNM.
Súčasťou Múzea Ľ. Štúra sú aj vysunuté expozície:
Múzeum slovenskej keramickej plastiky bolo vybudované z fondov EÚ v rámci Programu cezhraničnej spolupráce Slovenská republika - Rakúsko 2007-2013. Nachádza sa v starom vinohradníckom dome v malebnom zákutí v tesnej blízkosti mestských hradieb zo 17. storočia a spoločne s Galériou Ignáca Bizmayera tvorí jeden uzatvorený celok. V súčasnosti návštevníkom ponúka výstavu S citom v rukách - súčasní hrnčiari v Burgenlande a Bratislavskom kraji.
Galéria Ignáca Bizmayera predstavuje reprezentatívny výber z diela majstra figurálnej keramickej tvorby. Umiestnená je v rotundovej bašte mestského opevnenia zo 17. storočia.