Obec s názvom Pelystan sa spomína v listine z 25. júla 1314. Obec sa vyvinula v podhradí hradu Pajštún. V roku 1828 mala 98 domov a 698 obyvateľov. Zaoberali sa poľnohospodárstvom, pálením vápna a uhlia, výrobou dreveného riadu, metiel a ich predajom v Bratislave a okolí. V 18. storočí tu bola pracháreň, papiereň, tehelňa, skláreň a píla. V lokalite Medené Hámre sa vyrábal medený riad. V roku 1950 tu bolo založené Jednotné roľnícke družstvo. Dnes obyvatelia pracujú prevažne v Bratislave.
Názov obce je odvodený od niekdajšieho maďarského mena tejto obce: Borostyánkö, ktorý nemá s borovicami nič spoločného. Znamená totiž jantár. Iné názvy obce v jednotlivých rokoch boli 1273 Borynka, 1284 Perustian, Parastian, 1314 Pelystan, 1322 Burustian, 1390 Prostyan, 1439 Borostyan, Peylenstain, 1476 Borostyankw, 1786 Paistun, 1808 Stupavský podzámek, 1920 Pajštún, Kvetov, 1948 Borinka, maďarsky Borostyánkö, Pozsonyborostyánkö, nemecky Ballestein, Paulestein, Pallenstein.