Rohožník leží v Záhorskej nížine na náplavovom kuželi na úpätí Malých Karpát v nadmorskej výške 199 m v strede obce, 187 až 644 m chotár. Zvlnený rovinný až stredohorský povrch chotára tvoria druhohorné vápence, dolomity, bridlice, pieskovce, melafyry a granodiority. Obcou preteká Rohožnícky potok a potok Rudávka. Na severozápade chotára je rašelinisko, rybník ukončujúci skupinu rašelinísk siahajúcu po Jablonicu. Samotná obec a jej okolie je pomerne bohaté na podzemné vody. V katastri obce vyviera prameň Vajar a v jej okolí pramene Holbagrunty, Polčina, Hajzuchová, Vývrat. Tieto pramene sú zachytené, sústredené vo vodojeme a slúžia pre verejné zásobovanie pitnou vodou. Najstaršie mapy katastrálneho územia obce pochádzajú z roku 1748 a 1767. Na mape z roku 1767 sú uvedené názvy jednotlivých lokalít. Ich pomenovanie dokazuje prítomnosť rôznych etnických skupín obyvateľstva v minulosti. Severovýchodná časť - Padelky, Passezski, Pod Vratim, Prostredni Achtele, Zadni Achtele, Pod Papirňu, U Bazsantnicze, Welki Lesik, Kaltenbruck. Severná a severozápadná časť - Obora, Planavi, Orlove Verchi, Ribnik. Západná časť - Pri pastirskich Luczkach, Pri Dubniczkoch, Tojtne, Dzilca, Koncza Dzilczu, Pod Czestu, Dluhe Luki, Koncza Dluhich, Pod Struhu, Neubach. Juhozápadná časť - Dušnica, Franwiz, W Kruzskoch, Nad Struhu, U Dolni Bukovini, U Wisni Bukovini. Južná časť - Lazek, Konopizse, U Gortnawi, Pod Vinohradki, Szlaniszka, Nad Szlaniszki, Za Vinohradki, Kraluv Verch, Pod Kralovim verchem, Pri Sedmi Thaloch, U Sedmi Thaluw, U Szadni Nivi. Juhovýchodná časť - Za Sztepniczu, U Hurbanki, Za Letavskim, Hurka Pod Hurkama. Východná časť - Zahumenicte, U Brizstia, Wajerska Hora, Pod Wajersku Horu. Rozľahlý rybník, potoky, lesy, lúky polia a mierne podnebie lákali prvých obyvateľov usádzať sa tu. O ich prítomnosti svedčia mnohé artefakty, ktoré nám zanechali.