Der größte unterirdische Raum – die Bystrický-Kuppel – befindet sich im 7. Stock in einer Tiefe von 180 m und hat ein Volumen von 52.500 m3.
Zu den einzigartigen Attraktionen der Höhle gehört das Vorkommen von Vulkangestein aus der Kreidezeit, das in die Kalksteinformationen gefaltet ist. Sie tauchen an mehreren Stellen in Höhlengängen auf und machen dort mit einer rotbraunen oder grünen Farbe auf sich aufmerksam. Das Vulkangestein enthält Linsen aus weiß-rosafarbenen Achaten. Bemerkenswert sind auch die Funde von Fledermausknochen, die fast überall zu finden sind. Nach ihnen wurde die Höhle auch benannt. Ihr Alter wird auf 6000 Jahre geschätzt. In den Randbereichen der Höhle finden sich Skelettreste von Mardern, Bären und sogar Ziegen.
Die durchschnittliche Temperatur der Höhle beträgt +3,5 °C, einige vergletscherte Teile erreichen jedoch einen Jahresdurchschnitt von nur +1 °C. Aufgrund der Offenheit des Systems erreicht der Luftstrom 5 m/s.
Eine Sonderstellung im Höhlensystem stellen organogene Sedimente mit einem deutlichen Überwiegen von Skelettresten von Fledermäusen dar, nach denen die Höhle benannt wurde. Es wurden auch Fragmente kleiner Nagetiere, Marder, Braunbären und Ziegen gefunden und beschrieben. Befunde von Thanatozänosen älterer Knochen aus der Zeit vor etwa 4.000 bis 6.000 Jahren sind selten. Die beiden zahlreichsten Arten (Brandt-Fledermaus und Großohrfledermaus) sind typisch für diese frühere Zeit und überwintern heutzutage nur noch selten in Höhlen.
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