Největší podzemní prostor - Bystrický dóm, se nachází v 7. patře v hloubce 180 m, a jeho objem dosahuje 52 500 m3.
Mezi jedinečné zajímavosti jeskyně patří výskyt vulkanických hornin křídového věku vvrásněných do vápencového souvrství. Objevují se v jeskynních chodbách na více místech, kde upozorňují na sebe červenohnědou nebo zelenou barvou. Vulkanická hornina obsahuje čočky achátů bílorůžového odstínu. Další pozoruhodností jsou nálezy netopýřích kostiček, nacházejících se téměř všude. Podle nich dostala jeskyně i pojmenování. Jejich věk se odhaduje na 6000 let. V okrajových částech jeskyně se nacházejí kosterní zbytky kun, medvědů, ba dokonce kozy.
Jeskyně má průměrnou teplotu +3,5 °C, avšak některé zaledňované části dosahují celoročního průměru jen +1 °C. Proudění vzduchu díky otevřenosti systému dosahuje 5 m/s.
Zvláštní zastoupení v jeskynním systému představují organogenní sedimenty s výraznou převahou kosterních zbytků netopýrů, podle kterých jeskyně byla pojmenována. Nalezeny a popsány jsou také fragmenty drobných hlodavců, kun, medvěda hnědého a kozy. Vzácně jsou nálezy tanatocenóz starších kostí z období přibližně s před 4 000 až 6 000 lety. Dva nejpočetnější druhy (netopýr Brandtů a netopýr velkolepý) jsou typické pro toto starší období a v současnosti zimují v jeskyních jen ojediněle.
Slovensky
Anglicky
Maďarsky
Německy
