Významným mezníkem v životě muzea byl rok 1911, kdy sloučením muzejních spolku se Vzdělávacím spolkem a župního knihovnou byl vytvořen Jókaiho vzdělávací a muzeální spolek. V roce 1913 byla na základě projektů budapešťského univ. prof. Dezső Hult postavena nová účelová budova Jókaiho spolku - Kulturní palác, dnešní sídlo muzea. V období I. ČSR se Jókaiho spolek stal národnostním kulturním spolkem a činnost muzea v jeho programu ustoupila do pozadí.
Po druhé světové válce se začala nová etapa v životě muzea. V roce 1948 bylo založeno Okresní muzeum, které v roce 1949 dostalo název Podunajské muzeum. Činnost instituce byla brzděna nedostatkem odborných pracovníků a provozních prostor. Tato situace se zlepšila jen po roce 1968, kdy po generální opravě budovy muzea byla roku 1970 otevřena stálá archeologická, historická a etnografická expozice. V 1970-tých letech se zvýšil počet odborných pracovníků, začala se systematická vědeckovýzkumná činnost a publikování výsledků této činnosti v odborných časopisech iv denním tisku, jakož i v publikacích muzea. Od roku 1979 vydávala instituce svůj zpravodaj, obsahující studie jeho pracovníků i zprávy o činnosti muzea. Od roku 1975 muzeum zřídilo expozice iv pronajatých prostorách mimo své hlavní budovy a pořádalo ročně pravidelně několik dočasných výstav. Nový statut muzea z roku 1991 umožnil rozšíření sběratelské a vědeckovýzkumné činnosti instituce na celé území Slovenska, obývané i občany maďarské národnosti. Ke koordinaci této činnosti bylo zřízeno maďarské národnostní oddělení muzea. V roce 2002 muzeum přešlo do správy Nitranského samosprávného kraje a změnil se i jeho název na Muzeum maďarské kultury a Podunají v Komárně. V lednu 2008 instituce dostala zpět své pojmenování Podunajské muzeum v Komárně. V současnosti jeho základním posláním je na základě průzkumu a vědeckého výzkumu cílevědomě shromažďovat, vědeckými metodami zhodnocovat, odborně spravovat a ochraňovat, vědecky a kulturně-výchovně využívat hmotné i nehmotné doklady a dokumenty o vývoji a současném stavu společnosti na území okresu Komárno, jakož io vývoji přírody jižní části Podunajské nížiny v okresech Komárno a Nové Zámky. V rámci užší specializace se muzeum zaměřuje na historii, národopis a dějiny kultury maďarské národnostní menšiny, na výzkum a dokumentaci etniky vztahů na území Nitranského samosprávného kraje i na výzkum a dokumentaci římských památek v okrese Komárno.