Fontos mérföldkő a múzeum életében az 1911-es év volt, amikor megalakult a Jokai Oktatási és Múzeum Egyesület a Múzeum Egyesületnek az Oktatási Egyesülettel és a Megyei Könyvtárral való egyesítésével. 1913-ban a Budapesti Egyetem projektjei alapján. prof. Hültla Dezső a Jókai Egyesület új, erre a célra épített épületét - a Kulturális Palotát, a múzeum mai székhelyét - építette. Az Első Csehszlovák Köztársaság időszakában a Jókai Egyesület országos kulturális egyesületté vált, és a múzeum tevékenysége programjában háttérbe szorult.
A második világháború után új szakasz kezdődött a múzeum életében. 1948-ban megalakult a kerületi múzeum, amelyet 1949-ben a Duna Múzeumnak neveztek el. Az intézmény tevékenységét a szakemberek és a helyiségek hiánya akadályozta. Ez a helyzet csak 1968 után javult, amikor a múzeum épületének felújítása után 1970-ben állandó régészeti, történelmi és néprajzi kiállítás nyílt. Az 1970-es években nőtt a hivatásos állomány létszáma, megkezdődött a szisztematikus tudományos kutatási tevékenység, ennek a tevékenységnek az eredményeit szakmai folyóiratokban és a napi sajtóban, valamint a múzeum kiadványaiban tették közzé. 1979 óta az intézmény kiadta hírlevelét, amely munkatársainak tanulmányait és a múzeum tevékenységéről szóló beszámolókat tartalmazza. 1975 óta a múzeum a főépületén kívül bérelt helyiségekben is kiállítást rendezett, és évente rendszeresen több ideiglenes kiállítást tartott. A múzeum új alapszabálya 1991-től lehetővé tette az intézmény gyűjteményének és tudományos kutatási tevékenységének kiterjesztését Szlovákia egész területére, amelyet szintén magyar nemzetiségű polgárok laknak. Ennek a tevékenységnek a koordinálására létrehozták a múzeum Magyar Nemzeti Osztályát. 2002-ben a múzeum a nyitrai önkormányzati régió igazgatása alá került, és a nevét a Komáromi Magyar Kultúra és a Duna régió múzeumává változtatták. 2008 januárjában az intézmény a komáromi Duna Múzeum névre keresztelt. Jelenleg alapvető küldetése a kutatás és a tudományos kutatás alapján a komáromi körzet társadalmi fejlődéséről és jelenlegi helyzetéről szóló tudományos és immateriális dokumentumok és dokumentumok céltudatos gyűjtése, tudományos értékelése, szakszerű kezelése és védelme, felhasználása. valamint a természet fejlődéséről a Duna menti alföld déli részén, Komárom és Nové Zámky kerületben. Szűkebb szakterületének részeként a múzeum a magyar nemzeti kisebbség történetére, néprajzára és kultúrtörténetére, a nyitrai önkormányzati régió közötti etnikai kapcsolatok kutatására és dokumentálására, valamint a Komáromi járás római emlékeinek kutatására és dokumentálására összpontosít. .