Die Höhle wurde 1951 von freiwilligen Höhlenforschern aus Rožňava (V. Rozložník, L. Herényi, Š. Roda, A. Abonyi, A. Rusňák, Š. Ivanec und anderen) entdeckt, die mit der Slowakischen Höhlenforschungsgesellschaft verbunden waren. Mit Hilfe von Aushubarbeiten gelangten sie durch den Schwarzen Kessel in die unterirdischen Räume. Dank L. Herényi und seinen Mitarbeitern ist die Höhle seit 1955 zugänglich. Ab 1968 wurde sie als erste Höhle in der Slowakei 10 Jahre lang für die Höhlentherapie genutzt. Die Länge des zugänglichen Teils der Höhle beträgt 285 m.
Es entstand in mesozoischen mitteltriassischen hellen Wettersteinkalken, dunkelgrauen Gutensteinkalken, hellgrauen Kalksteinen und dolomitischen Kalksteinen entlang tektonischer Verwerfungen durch die Korrosions- und Erosionsaktivität des Black Stream und seines gelegentlichen Nebenflusses von Marble Hall. Sie ist Teil des unterirdischen Wassersystems Silicko-Gombase, zu dem auch die Höhle Silická ľadnica gehört. Die beiden Höhlen sind durch einen bisher unbekannten Abschnitt des Čierne potok getrennt. Es entspringt am Schwarzen Kessel am Fuße der Ebene, 11 m über der Talebene von Slana.
Gombasecká jaskyňa ist eine 3057 m lange Flussquellenhöhle. Die beiden Stockwerke bestehen aus ovalen, einem Fluss nachempfundenen und zerklüfteten Korridoren, die stellenweise durch Einmündungen in Hallen und Kuppeln erweitert werden. Die obere Etage liegt 5 bis 10 m über dem aktiven Bach Čierne Potok, der durch die unteren Teile der Höhle fließt. Der Trockengang im Obergeschoss entstand durch das Wasser, das nun gelegentlich durch den 10 m tiefen Brunnen im Marmorsaal aufsteigt.
Die Höhle zeichnet sich durch ihre einzigartigen dünnen Sinterstrohhalme aus – dünne röhrenförmige Tropfsteingebilde, die eine Länge von bis zu 3 m erreichen. Es gibt auch andere Formen von Stalaktiten, Stalagmiten, verschiedene Sinterablagerungen und Krusten. Die Lufttemperatur in der Höhle erreicht 9,0 bis 9,4 °C, die relative Luftfeuchtigkeit 95 bis 97 %.
Die Entdeckung eines Tausendfüßlers der Gattung Typhloiulus sp., der mit einer Körperlänge von 26 mm den bisher größten Troglobionten darstellt – ein echtes Höhlentier der slowakischen Höhlen. Fledermäuse sind im Frühjahr in der Höhle nur selten anzutreffen. In den letzten Jahren hielten sich vom Herbst bis zum Frühjahr Fleckensalamander (Salamandra salamandra) in der Eingangshalle auf.
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