Kezdettől fogva egy független, országos hatókörű nemzeti múzeum pozíciójára irányult, amely a többi kisebbségi múzeumhoz hasonlóan a Szlovák Nemzeti Múzeum hálózatában működik. Erre a folyamatra 2006-ban került sor. A munkahely egy új, erre a célra épült épületbe költözött, a Devínská Nová Ves Istrijská utcában.
A múzeum a szlovák horvátok történetére és kultúrájára összpontosító dokumentum-, tudományos-kutatási és módszertani múzeumi munkahely a mai Szlovákia területére érkezésüktől napjainkig. A múzeum összegyűjti, védi, szakmailag feldolgozza és bemutatja a profilozásához kapcsolódó tárgyi dokumentumokat.