Najväčší podzemný priestor - Bystrický dóm, sa nachádza na 7. poschodí v hĺbke 180 m, a jeho objem dosahuje 52 500 m3.
Medzi jedinečné zaujímavosti jaskyne patrí výskyt vulkanických hornín kriedového veku vovrásnených do vápencového súvrstvia. Objavujú sa v jaskynných chodbách na viacerých miestach, kde upozorňujú na seba červenohnedou, alebo zelenou farbou. Vulkanická hornina obsahuje šošovky achátov bieloružového odtieňa. Ďalšou pozoruhodnosťou sú nálezy netopierích kostičiek, nachádzajúcich sa temer všade. Podľa nich dostala jaskyňa aj pomenovanie. Ich vek sa odhaduje na 6000 rokov. V okrajových častiach jaskyne sa nachádzajú kostrové zvyšky kún, medveďov, ba dokonca kozy.
Jaskyňa má priemernú teplotu +3,5 °C, avšak niektoré zaľadňované časti dosahujú celoročný priemer len +1 °C. Prúdenie vzduchu vďaka otvorenosti systému dosahuje 5 m/s.
Osobitné zastúpenie v jaskynnom systéme predstavujú organogénne sedimenty s výraznou prevahou kostrových zvyškov netopierov, podľa ktorých jaskyňa bola pomenovaná. Nájdené a popísané sú aj fragmenty drobných hlodavcov, kún, medveďa hnedého a kozy. Vzácne sú nálezy tanatocenóz starších kostí z obdobia približne s pred 4 000 až 6 000 rokov. Dva najpočetnejšie druhy (netopier Brandtov a netopier veľkouchý) sú typické pre toto staršie obdobie a v súčasnosti zimujú v jaskyniach len ojedinele.
Česky
Anglicky
Maďarsky
Nemecky
