Na území mesta sa nachádza niekoľko významných archeologických lokalít prevažne z mladšej doby bronzovej (ľud lužických popolnicových polí). O pobyte slovanských obyvateľov sú známe doklady z 9. storočia nášho letopočtu. Opevneným hradiskom boli už vo veľkomoravskom období Trniny.
Pôvod názvu Kubín odvodzuje jazykovedec Rudolf Krajčovič od označenia priestoru, ktorý zahaľujú kúdoly dymu v čase spaľovania koreňov a zbytočnej dreviny na klčovisku rúbaniska; v stredoveku z historického názvu Klubín vznikol názov Kubín s orientačnými prívlastkami podľa polohy Nižný a Vyšný, neskôr Dolný a Vyšný. Reálnosť výkladu potvrdzuje názov neďalekej obce Poruba (výrub lesa, rúbanisko).
Kubín sa prvýkrát spomína roku 1325 v listine, ktorou turčiansky konvent potvrdil zmenu majetkov a získanie osady Vyšný Kubín zemepánom z Liptovskej Revúcej. Z toho vyplýva, že v tomto období musel existovať aj Dolný Kubín. Presnejšia zmienka o Dolnom Kubíne je z roku 1381, keď medzi vyšnokubínskymi a dolnokubínskymi obyvateľmi, patriacimi k Oravskému hradu, vypukol spor o medze. V rokoch 1564 – 1578 mal Dolný Kubín len 10–11 usadlostí, pri zápise domov pre kráľovskú daň r. 1598 tu napočítali 34 domov. Obyvateľstvo bolo trvale viazané na pôdu, bez práva slobodného sťahovania. Obec spravoval richtár.
Medzníkom v dejinách Dolného Kubína je rok 1632, keď riaditeľ Oravského komposesorátu Gašpar Illešházy za ročný poplatok 10 zlatých oslobodil jeho obyvateľov od vykonávania robotných povinností a povýšil ich na mešťanov. Neskoršie privilégiá povoľovali mestu organizovanie jarmokov, vyberanie mýta v dolnokubínskom brode a oslobodili obyvateľov od platenia mýta na súši i na vode.
Mesto sa začalo výraznejšie meniť po roku 1683, keď sa tu konávali stoličné generálne a partikulárne kongregácie a keď sa definitívne rozhodlo, že bude sídlom stolice.
Po požiari r. 1834 sa prikročilo k postupnej prestavbe celého Dolného Kubína. Novým rozparcelovaním stavebných pozemkov bola umožnená výstavba domov mestského typu a priamočiarosť námestia. Dolný Kubín nadobudol postupne mestský vzhľad.
V 19. storočí sa Dolný Kubín dostával stále výraznejšie do povedomia Slovákov. Narodili sa tu alebo pôsobili viaceré osobnosti, ktoré zasiahli do rozvoja slovenskej kultúry a vzdelanosti a mali významný podiel na slovenskom národnom hnutí (Janko Matúška, Pavol Országh Hviezdoslav, Vavrinec Čaplovič, Ladislav Nádaši Jégé, Andrej Radlinský a ďalší). V meste sa usporadúvali ochotnícke predstavenia a účinkoval tu spevokol. Postavenie kultúrneho centra Oravy si mesto uchovávalo aj po roku 1918.