V porovnaní s okolitými obcami uvedenými v Zoborskej listine, kde vlastnili benediktíni začiatkom 12. storočia svoje majetky, majú Malženice tú zvláštnosť, že tu popri majetkoch mali aj kláštor a v ňom sídlo jedného z organizačných článkov v hierarchii rádu – priorátu. Kláštor benediktínov a johanitov pravdepodobne zničili Tatári a už nebol obnovený. V roku 1268 daroval uhorský kráľ Bela IV. Obec Malženice synom trnavského richtára Conch -Kunza. V darovacej listine sa obec nazýva Maniga. Malženice boli už začiatkom 14. storočia sídlom farnosti. Pri nesporne najstaršom kostole v okolí, je písomne doložená i existencia fary z roku 1332.
Funkcia a vážnosť obce sa v 14. – 16. storočí zvýšila udelením výsad, ktoré neboli typické ani pre počtom obyvateľstva väčšie obce tej doby. Bolo to právo zriadenia a vyberania mýta, právo usporadúvať pravidelné trhy a najmä právo používať označenie obce ako oppidum – mestečko. V tom čase poddanské mestečko. Kópia tejto listiny sa nachádza na fare v Malženiciach.